Hogyan történik az igazítási pontszám kiszámítása?
Hogyan történik az igazítási pontszám kiszámítása?

Videó: Hogyan történik az igazítási pontszám kiszámítása?

Videó: Hogyan történik az igazítási pontszám kiszámítása?
Videó: Bioinformatics part 7 How to perform Global alignment 1 2024, November
Anonim

Az pontszám Egy igazítás , S, számított mint a helyettesítés és a rés összege pontszámokat . Helyettesítés pontszámokat egy keresőtábla adja meg (lásd PAM, BLOSUM). Rés pontszámokat jellemzően vannak számított G, a résnyitó büntetés és L, a résnövelő büntetés összegeként. Egy n hosszúságú hézag esetén a hézag költsége G+Ln lenne.

Ennek megfelelően mi az igazítási pontszám?

Optimális igazítás és igazítási pontszám Egy optimális igazítás egy igazítás a legmagasabbat adva pontszám , és igazítási pontszám ez a legmagasabb pontszám . Ez a igazítási pontszám X és Y = az pontszám X és Y egy optimális igazítás . Például a igazítási pontszám az alábbi X és Y közül 36.

A fentieken kívül hogyan működik a szekvencia-illesztés? A bioinformatikában a szekvencia igazítás elrendezésének módja a sorozatok DNS-t, RNS-t vagy fehérjét, hogy azonosítsa azokat a hasonlóság régiókat, amelyek a sejtek közötti funkcionális, szerkezeti vagy evolúciós kapcsolatok következményei lehetnek. sorozatok.

Ebből mi a pontszám a bioinformatikában?

A szekvencia-illesztésekkel összefüggésben a pontszám egy numerikus érték, amely leírja az igazítás általános minőségét. A nagyobb számok nagyobb hasonlóságot jelentenek. Az pontszám mértéke attól függ pontozás alkalmazott rendszer (helyettesítési mátrix, résbüntetés).

Mi az optimális illesztés a szekvencia-illesztésben?

Az optimális beállítás két fehérjéből sorozatok az a igazítás ami maximalizálja a párpontszámok összegét, csökkentve a bevezetett hiányosságokért járó büntetéseket. A dinamikus programozás lehetővé teszi a optimális beállítás kettőből sorozatok az mnlépések sorrendjében található, ahol m és n a hossza sorozatok.

Ajánlott: